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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显示信息出很广的生物技术亲水性，是指抗良性肿瘤和抵抗疾病毒角色。一般来说，三萜是实现甲羟戊酸经过镶嵌的，并从绿色苔藓植物和病菌中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的分析探讨毕业论文。该分析探讨发展三萜类无机化合物虫草酸（GA）是完成粘液培植的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物学有效的转化行成的。按照转录组和核血清组学方法进三步探究无柄野生虫草菌丝体中DHT行成俩种野生虫草酸（GA）的体系，并随着多个学方法测量到的不同性遗传基因和不同性核血清，预测未来DHT 微生物学合出 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和效果区分

能够对无柄虫草真菌孢子菌丝体做出转录组测序共到67230个转录本和142915个单什么是基因遗传遗传。在这类单什么是基因遗传遗传中，492被认定为地域差异体现什么是基因遗传遗传（DEGs），这这其中213个体现上浮，279个体现变动（图1A）。GO聚集概述后，DEGs可分为海洋生物流程（BP）、細胞部分（CC）和碳原子工作（MF）3类。在BP等级分类中，有了前这几个子等级分类：抗菌药工业制硝酸产生流程，冰醋酸盐产生流程和甲酸盐产生流程;而在CC等级分类中，細胞外区、突触pp体、突触组成是前这几个亚类。关于MF等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶、空气氧化恢复原酶几丁质酶和酸氨（或酰胺）链接酶几丁质酶是前这几个亚等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG径路概述中，前30条聚集度极限的径路中含27条算是产生，这这其中丁烷产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生数据信息径路有明显聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和工作类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

顺利完成对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体去球脂肪酸组学深入讲解，共分选定了16,457种特点肽、2606种球脂肪酸和2588种参考值球脂肪酸。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的筛分环境下，这2606种球脂肪酸中，94种被技术鉴定为不一致性把你想描述出来球核蛋清（DEPs），中间52种上浮，42种调低（图2A），图2C展示了不一致性把你想描述出来球核蛋清的聚类算法深入讲解热图。从GO深入讲解方面看，BP品目展示，基本上数DEPs参与性醋酸钠盐排泄具体步骤、消炎药可细化排泄具体步骤和药物剂量可细化排泄具体步骤。CC类DEPs在細胞外区、过阳极金属被氧化物酶体和微体中占到基数极高，阳极被氧化替换酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的基数极高（图2B）。与转录组结局类似的，KEGG信息通道深入讲解展示，大多DEPs在排泄中微生物工程丰度，中间3条最微生物工程丰度的有效途径是光合微生物工程中的碳固市场定地点、碳排泄和MAPK信息信息通道（图2D）。不仅而且，顺利完成深入讲解GO信息库的CC对DEPs去亚細胞市场定位深入讲解和注解（图2E），DEPs主耍分布点在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs微生物工程镶嵌的主耍地点。

图2|淀粉酶质组的化学发光法深入分析和特点查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物还原成和较组侯选DEGs和DEPs生产了维恩图，有20个地域差异表现染色体（图3A）。对转录组和球氨基酸组中E组和C组通用的DEGs/DEPs去聚类分折分折，发现mRNA和球氨基酸期间有16个上浮染色体和6个再降染色体，DEGs各自译为的DEPs表现关卡呈正关于，系统设计Pearson的关于指数公式分折，在转录组和球氨基酸组期间检侧到相比较高的关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测工具最终彰显，E组和C组12DEGs的表现程度文化差异更为明显，这当中9个为上浮DEGs，2为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现发展趋势与转录多组分析最终不一。

图3|蛋白质含量质组的降钙素原检测介绍和实用功能核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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